Мультфильм "Трое из Простоквашино" имеет скрытый, пугающий смысл. Рассказывается история мальчика, которого зовут "дядя Федор", и его нового друга - кота Матроскина. В ходе сюжета появляются загадки, связанные с прошлым героев, отсутствием родственников и поведением родителей. Мультфильм не является детской сказкой и вызывает вопросы о том, что на самом деле происходит в истории.